เธอเป็นนิกายโรมันคาธอลิก แต่น้องชายต่างมารดาของเธอ ลอร์ดเจมส์ สจ๊วร์ต ซึ่งต่อมาคือเอิร์ลแห่งมอเรย์ ได้รับรองกับเธอว่าเธอจะได้รับอนุญาตให้บูชาตามที่เธอปรารถนาและ ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1561 เธอกลับมารับการต้อนรับอย่างอบอุ่นอย่างไม่คาดคิดจากอาสาสมัครโปรเตสแตนต์
แมรี่ราชินีแห่งสกอตเป็นนิกายโรมันคาธอลิกหรือไม่
(น้องชายของฟรานซิสชาร์ลที่ 9 ขึ้นเป็นกษัตริย์แห่งฝรั่งเศสเมื่ออายุเพียง 10 ขวบกับแม่ของเขา แคทเธอรีน เด เมดิชิ ทำหน้าที่เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์) แมรี่เป็นราชินีคาทอลิกในส่วนใหญ่เป็นรัฐโปรเตสแตนต์ แต่เธอก็ประนีประนอมยอมความเพื่อให้เธอรักษาอำนาจโดยไม่ละเมิดการปฏิบัติของทั้งสองศาสนา
ราชินีแมรี่คาทอลิกหรือโปรเตสแตนต์หรือไม่
หลังจากการสิ้นพระชนม์ของ Edward VI ซึ่งเป็นทายาทชายเพียงคนเดียวของ Henry ที่รอดชีวิต Mary กลายเป็นราชินีแห่งอังกฤษ ผู้อุทิศตน โรมันคาธอลิก เธอพยายามที่จะฟื้นฟูนิกายโรมันคาทอลิกที่นั่น ส่วนใหญ่ผ่านการชักชวนให้มีเหตุผล แต่การกดขี่ข่มเหงผู้ไม่เห็นด้วยกับโปรเตสแตนต์โดยระบอบการปกครองของเธอนำไปสู่การประหารชีวิตหลายร้อยครั้งในข้อหานอกรีต
แมรี่ราชินีแห่งสก็อตเปลี่ยนโปรเตสแตนต์หรือไม่
แต่การตายของเขาทำให้แมรี่เป็นมากกว่าราชินีแห่งสก็อต … การแต่งงานจะทำให้แมรี่ต้องเปลี่ยนความเชื่อของโปรเตสแตนต์ และจะทำให้การอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ของเธอสิ้นสุดลง แต่ชาวสก็อตปฏิเสธ แมรี่กลับแต่งงานกับเจ้าชายคาธอลิกแห่งฝรั่งเศสแทนเพื่อขอการสนับสนุนจากฝรั่งเศส
ทำไมแมรี่ราชินีแห่งสกอตถึงถูกเรียกว่าบลัดดี้แมรี่
ในช่วงรัชสมัยห้าปีของแมรี่ ประมาณ 280 โปรเตสแตนต์ถูกเผาที่เสาเพราะปฏิเสธที่จะเปลี่ยนมานับถือนิกายโรมันคาทอลิก และอีก 800 คนหนีออกนอกประเทศ การข่มเหงทางศาสนานี้ทำให้เธอได้รับฉายาว่า 'บลัดดี้แมรี่' ในหมู่คนรุ่นต่อๆ มา