การสร้างแบบจำลองโฮโมโลยีได้ โครงสร้างสามมิติของโปรตีนเป้าหมายตามความคล้ายคลึงกันระหว่างเทมเพลตและลำดับเป้าหมาย และเทคนิคนี้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพเมื่อต้องศึกษาโปรตีนเมมเบรนที่ ตกผลึกได้ยากเหมือน GPCR เนื่องจากให้ความเข้าใจใน … ในระดับที่สูงขึ้น
การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันคืออะไรและทำไมจึงจำเป็น
1.2.
การสร้างแบบจำลองโฮโมโลยีคือ วิธีการคำนวณที่แม่นยำที่สุดในการสร้างแบบจำลองโครงสร้างที่เชื่อถือได้ และมักใช้ในการใช้งานทางชีววิทยาหลายอย่าง การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงทำนายโครงสร้าง 3 มิติของโปรตีนคิวรีผ่านการจัดตำแหน่งลำดับของโปรตีนเทมเพลต
หลักการสร้างแบบจำลองคล้ายคลึงคืออะไร
การสร้างแบบจำลองที่คล้ายคลึงกันเรียกอีกอย่างว่าการสร้างแบบจำลองเปรียบเทียบทำนายโครงสร้างโปรตีนตามความคล้ายคลึงของลำดับกับโครงสร้างที่รู้จัก ตามหลักการที่ว่า “ ถ้าโปรตีนสองชนิดมีความคล้ายคลึงกันในลำดับที่สูงพอ พวกมันก็มีแนวโน้มที่จะมีโครงสร้างสามมิติที่คล้ายกันมาก”
การสร้างแบบจำลองที่คล้ายคลึงกันที่ดีคืออะไร
ถ้าเรากำหนด "แบบจำลองความคล้ายคลึงที่ประสบความสำเร็จอย่างสูง" ให้เป็นแบบที่มี <=2 Å rmsd จากโครงสร้างเชิงประจักษ์ แล้ว เทมเพลตต้องมี >=60% เอกลักษณ์ของลำดับกับเป้าหมายเพื่อความสำเร็จ อัตรา >70% แม้ในลำดับระดับสูง (60-95%) แบบจำลองที่คล้ายคลึงกันมากถึงหนึ่งในสิบมี rmsd >5 Å เทียบกับ
ข้อใดต่อไปนี้เป็นจริงเกี่ยวกับการสร้างแบบจำลองคล้ายคลึงกัน
คำอธิบาย: ตามชื่อที่แนะนำ การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกัน ทำนายโครงสร้างโปรตีนตามความคล้ายคลึงของลำดับด้วยโครงสร้างที่รู้จัก การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันสร้างแบบจำลองอะตอมทั้งหมดตามการจัดตำแหน่งกับแม่แบบโปรตีน… ข้อผิดพลาดที่เกิดขึ้นในขั้นตอนการจัดตำแหน่งไม่สามารถแก้ไขได้ในขั้นตอนการสร้างแบบจำลองต่อไปนี้