การสูญเสียเอนโทรปีของโครงสร้างคือ ส่วนสำคัญในอุณหพลศาสตร์ของการพับโปรตีน อย่างไรก็ตาม การกำหนดปริมาณที่แม่นยำได้พิสูจน์แล้วว่ามีความท้าทาย เราคำนวณการสูญเสียนี้โดยใช้การจำลองแบบไดนามิกของโมเลกุลของทั้งโปรตีนพื้นเมืองและชุดสถานะที่แปลงสภาพเหมือนจริง
โปรตีนเอนโทรปีตามโครงสร้างคืออะไร
เอนโทรปีโครงสร้างคือ เอนโทรปีที่เกี่ยวข้องกับจำนวนโครงสร้างของโมเลกุล … ในโปรตีน โดยทั่วไปจะใช้มุมไดฮีดรัลของกระดูกสันหลังและโรตาเมอร์สายด้านข้างเป็นพารามิเตอร์ และใน RNA อาจใช้รูปแบบการจับคู่ฐาน
เอนโทรปีรูปแบบใดที่มีโปรตีนพับหรือกางออก
โครงสร้างเอนโทรปีของสายโซ่โพลีเปปไทด์มีขนาดใหญ่กว่าสำหรับ สถานะกางออก เมื่อเทียบกับสถานะพับที่กะทัดรัดกว่าซึ่งมีลักษณะเฉพาะด้วยพื้นที่โครงสร้างที่จำกัดมากกว่ามาก ดังนั้น การสนับสนุนนี้ทำให้สถานะที่แฉมีเสถียรภาพ (ΔSconf > 0)
อะไรเป็นตัวกำหนดโครงสร้างของโปรตีนและปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการพับของโปรตีนคืออะไร
โครงสร้างหลักของโปรตีน ลำดับกรดอะมิโนเชิงเส้น กำหนดรูปแบบดั้งเดิมของมัน สารตกค้างของกรดอะมิโนจำเพาะและตำแหน่งของพวกมันในสายโซ่โพลีเปปไทด์เป็นปัจจัยกำหนดว่าส่วนใดของโปรตีนจะพับชิดกันและสร้างโครงสร้างสามมิติ
ปัจจัยอะไรที่ส่งผลต่อการพับของโปรตีน
การพับโปรตีนเป็นกระบวนการที่ละเอียดอ่อนมาก ซึ่งได้รับอิทธิพลจากปัจจัยภายนอกหลายประการ รวมถึง สนามไฟฟ้าและสนามแม่เหล็ก อุณหภูมิ ค่า pH สารเคมี การจำกัดพื้นที่ และการรวมตัวของโมเลกุลปัจจัยเหล่านี้มีอิทธิพลต่อความสามารถของโปรตีนในการพับเป็นรูปแบบการทำงานที่ถูกต้อง